雞腿菇栽培過程中，發菌期的管理是一項至關全局的管理環節。現就自身的種菇經驗，將發菌前期、中期和后期的管理要點綜述如下：
1．發菌前期的管理雞腿菇菌絲體生長的溫度是3℃-35℃，最適溫度為24℃-28℃。播種后菌種能否順利成活定植、吃料生長，將料溫控制在20℃-30℃是最首要的管理工作。播種后1天-7天為發菌前期。第1天-3天的管理重點是保濕、控溫和換氣。保濕的方法是覆蓋好薄膜，若遇到雨天還要做好排除積水工作，防止雨水浸入料內。控溫的措施主要有：①勤檢查，將膜內料溫控制在24~C-28℃，最高不能超過30℃；②料溫偏高時，可加厚棚膜上草被或在草被上淋水降溫；③可將菌床中間薄膜適當升高15厘米-20厘米，揭開兩頭薄膜通風散熱，加速膜內空氣流通。波浪式栽培的可直接揭開兩頭薄膜散熱降溫；④遇上低溫寒潮天氣，應將薄膜蓋嚴，疏散膜面覆蓋物，增加光照度，提高料溫。播種后4天-7天，菌種塊的新生菌絲已萌發齊全，開始定植吃料，向料內生長，此時期則以換氣為主，每天通風不得少于2小時，促使菌絲快速封面，適當降低料表面濕度，使料表面稍干燥，減少雜菌污染。膜內料溫控制在24℃-28℃，空氣相對濕度70％-75％較為理想。
2．發菌中期的管理播種后8天-12天為發菌中期，也稱為料層發菌期，菌絲吃料并在料內縱橫生長。管理重點應以小通風為主，大通風為輔。此期的料溫應控制在28℃以下，空氣相對濕度為75％左右。若自然溫度超過30℃，晴天中午前后，薄膜兩頭應揭開，搭建的遮陰棚應盡量起到遮陰控溫的作用，如遮陰度不夠，應加厚覆蓋物，同時對棚上覆蓋物噴水降溫，使棚內小氣候處在一個陰涼的環境之中，確保料溫處于適溫范圍。如自然溫度在15℃以下，應蓋好薄膜少通風，盡量利用陽光熱能提高膜內料溫，使菌絲正常生長。此外，發菌中期也是病蟲害的易發期，如發現螨類害蟲，可用1：1000倍殺滅菊酯或三氯殺螨醇，1：1500倍克螨特進行防治；如發現菇蚊、菇蠅等害蟲，可用濃度為100單位二嗪農噴施防治；如發生毛殼菌和小菌核病以及毛霉、木霉、曲霉等雜菌污染，可用300倍波爾多液、500倍克霉靈或800倍甲基托布津直接噴施病區防治。
3．發菌后期的管理播種后13天-20天為發菌后期，也是養菌階段。此期料內的溫度控制在24℃-28℃，空氣相對濕度70％-75％。為了使料層內菌絲充分健壯生長，適應覆土后的環境條件，可將料層用木棒撬動一次，增加中、下層料內的氧氣供應，有利于復壯和加速菌絲生長。后期加強通風換氣，確保棚內和料內的溫度正常，控制料面濕度，病蟲害就不易發生。
